貨柜碼頭中轉箱主要有國內和國際兩種中轉箱。內運集裝箱是指在境外裝貨港裝船，經國內中轉卸船，再轉運到國內其他港口的集裝箱，并在國內裝貨港辦理了結關手續，國際海運公司出具全程提單，經國內中轉港轉港轉運。
一、一程船卸船
在國際海運運輸中，指將該貨箱從起運港運往中轉港的船舶，指由某一集裝箱運往中轉港的船舶。船務計劃人員在收到船務公司資料后，將其中的中轉資料交給中轉業務員處理。轉運員將中轉資料輸入電腦。卸貨后，對實際卸貨的資料進行核對，發現問題立即通知有關部門協調解決。如果卸貨后代理要求變更、補充中轉信息，中轉業務員應在收到代理工作聯系單后及時在計算機上更正相關信息。
二、二程船裝運
"程船"，即指從某一貨柜出發，將該集裝箱從其轉港運往目的港的船舶。船務人員在收到中轉通知書后，將通知(需海關放行章)與外區拖運至本碼頭的中轉箱的動態表一并交由運行員處理。
三、跨區拖運中轉箱
如兩船不在同一碼頭，中轉箱單程卸船和二程船在同一碼頭，則該中轉箱必須在區段拖運。拖運地碼頭的中轉業務員在安排出港計劃時出具一份運輸動態表(一式三聯)，附在出港報關單上。駕駛員在拖箱時負責檢查口文員的設備交接，檢查口文員自留動態表一聯，附在出場表上交出納部，其余交司機。
四、危險貨物轉運箱轉存
對不適合于碼頭堆放的危險品中轉箱，碼頭轉業務員應嚴格把關，及時通知代理安排轉運，確保碼頭生產安全。轉船前，代理人應提供相關工作聯系單，說明費用結算方式。危險貨物的中轉箱出運，由中轉操作員填寫作業申請表和動態表(一式三聯)交驗。檢驗人員自留一聯附在出勤報表上交收收部，其余交司機。
五、倒箱的中轉
由于箱體損壞、錯箱等原因需要在國際上轉箱時，船代應當出具聯聯系單給碼頭和海關(注明費用結算方法)。如果在碼頭外倒箱，碼頭應根據海關許可證安排出港計劃和入港計劃：如在碼頭倒箱，海關、船代、理貨員在倒箱時，倒箱后由海關加鉛封。
