上海國際航運中心的建造不僅體現在海上航道上，內河航道、內河港口的建設也至關重要，編織四通八達的航道網對上海國際航運中心的建造具有重要意義。
上海國際航運中心的建造過程中，一直把長江水運發展作為推進國際航運中間建造和經濟社會發展的重要戰略行動，著力“織造”高等級航道網建造，不斷優化港口集疏運系統，大力推進7條高等級內河航道、2個內河集裝箱港區等重點建造使命。保證貨代公司、貨主運輸方便。
上海活躍創新內河水運運作形式，探究“定裝卸港口、定運送線路、定班輪船期、定運送時刻、定全程運價”的“五定”事務形式，促進了沿江物流周轉功率和效勞水平的提高。上海還不斷探究干線集裝箱船只“兩船套泊”新辦法和洋山主航道雙向通航水上監管效勞新形式，加強了深水航道13.5米深吃水船只飛行和85米船只交匯寬度常態化研究，成功完成了長江口深水航道超寬船只交會實驗。上海樹立全國船只買賣信息渠道，會員單位包括長江沿線10余家買賣組織。現代航運效勞系統框架開始形成，航運效勞輻射規模由長江流域向全國延伸。
一系列內河航道的建成，形成一個巨大的航道網，以上海國際航運中心為中心，聯系起來兄弟省份沿海港口協作，形成了港口、航運及物流三大協作系統。
